Với việc bị Dönitz từ chối và bị quân Đồng Minh săn lùng, Himmler đã cố gắng chạy trốn. Ông không có những sự chuẩn bị đầy đủ cho điều này, ngoài một cuốn sổ nợ giả dưới tên Trung sĩ Heinrich Hitzinger. Vào ngày 11 Himmler cùng với một nhóm bạn đi xuống phía Nam đến Friedrichskoog, khi đó trong đầu ông vẫn chưa xác định được đích đến cuối cùng. Bọn họ tiếp tục đi tới Neuhaus, tại đây nhóm đã tách ra. Ngày 21 tháng 5, Himmler và hai sĩ quan phụ tá bị chặn lại và bị giam giữ tại một điểm kiểm tra được dựng lên bởi các cựu tù binh chiến tranh Liên Xô. Trong hai ngày tiếp theo ông đã được dẫn đi quanh một vài khu trại,[185] trước khi bị đem đến Trại Thẩm vấn Thường dân số 31 của Anh ở gần Lüneburg vào ngày 23 tháng 5.[186]

Sĩ quan phụ trách, đội trưởng Thomas Selvester, bắt đầu tiến hành một cuộc thẩm vấn như thường lệ. Himmler thừa nhận danh tính và Selvester đã thực hiện khám xét. Sau đó Himmler được đưa tới sở chỉ huy Tập đoàn quân số 2 của Anh ở Lüneburg, nơi mà bác sĩ Wells đã tiến hành một cuộc khám xét y tế với ông. Vị bác sĩ cố gắng kiểm tra bên trong miệng của Himmler, nhưng ông không muốn mở miệng và ngoắc đầu ra. Himmler sau đó cắn vỡ một viên xyanua giấu trong miệng và ngã xuống sàn. Ông chết trong vòng 15 phút.[187][188] Thi thể của ông được chôn vào một ngôi mộ không đánh dấu gần Lüneburg. Vị trí của ngôi mộ này cho đến nay vẫn chưa được biết đến.[189]